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適格請求書の記載事項である消費税額等に１円未満の端数が生じる場合は、一の適格請求書につき、税率ごとに１回の端数処理を行う必要があります（新消令70の10、インボイス通達３－12）。
なお、切上げ、切捨て、四捨五入などの端数処理の方法については、任意の方法とすることができます。
一の適格請求書に記載されている個々の商品ごとに消費税額等を計算し、１円未満の
端数処理を行い、その合計額を消費税額等として記載することは認められません。

出典：国税庁ホームページ(https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/zeimokubetsu/shohi/keigenzeiritsu/pdf/qa/01-01.pdf#page=58)を加工して作成