事業者が商品を購入した際、その取引（課税仕入れ）について仕入税額控除を行うこととなりますが、商品購入時にポイントを使用した場合、消費税の「課税仕入れに係る支払対価の額」は、

① ポイント使用が「対価の値引き」である場合には、商品対価の合計額からポイント使用相当分の金額を差し引いた金額（値引後の金額）

② ポイント使用が「対価の値引きでない」場合には、商品対価の合計額（全額）

となります。

なお、②の場合のポイントは、雑収入となります。

国税庁ホームページ（https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shohi/6480.htm）引用・編集し作成