セルフメディケーション税制は医療費控除の特例であり、通常の医療費控除との選択適用となりますので、いずれか一方を選択して適用することになります。

セルフメディケーション税制の適用を受けることを選択した納税者は通常の医療費控除を受けることができず、通常の医療費控除を受けることを選択した納税者はセルフメディケーション税制の適用を受けることはできません。

国税庁ホームページ（https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1131.htm）引用・編集し作成