そもそも年末調整とは？会社員の所得税が精算される仕組み｜令和8年（2026年）年末調整【第2話】

毎年11月から12月頃になると、会社から「年末調整の書類を提出してください」と案内されます。

生命保険料控除証明書を準備したり、配偶者や扶養親族の収入見込みを確認したりするため、「毎年やっているけれど、そもそも何のための手続きなのかよく分からない」という方も多いのではないでしょうか。

年末調整を一言でいうと、毎月の給与や賞与から源泉徴収された所得税等の合計額と、その人が1年間で本来納めるべき所得税等との差額を精算する手続きです。

今回は、令和8年（2026年）年末調整シリーズ第2話として、会社員の所得税がどのように精算されるのか、会社の経理・総務担当者にも給与所得者にも分かりやすく解説します。

1．給与から引かれている所得税は「その年の最終税額」ではありません

会社員の給与明細を見ると、毎月「所得税」などの名目で税金が差し引かれています。

会社は給与を支払う際、源泉徴収税額表などに基づいて所得税および復興特別所得税を給与から徴収し、原則として国へ納付しています。

ただし、毎月給与から差し引かれている税額は、その人の1年間の所得や各種控除をすべて確定させて計算した最終税額ではありません。

そのため、12月になって1年間の給与額などが確定したところで、本来納めるべき年税額を計算し直す必要があります。

この「毎月徴収してきた税額」と「1年間の正しい税額」の差を合わせる作業が年末調整です。

2．なぜ毎月の源泉徴収だけでは税額が確定しないの？

毎月の給与計算だけで1年間の所得税を完全に確定させることが難しいのには理由があります。

例えば、年の途中で次のような変化が起こることがあります。

結婚して配偶者ができた
子どもなど扶養親族の状況が変わった
配偶者や扶養親族の年間所得が当初の見込みと変わった
生命保険料や地震保険料を支払った
本人が社会保険料などを直接支払った
一定の住宅ローン控除を受けることになった

また、毎月使用する源泉徴収税額表自体も、年間の最終的な税額をそのまま月割りしたものではありません。

こうした事情から、毎月徴収された税額の合計と年間の正しい税額には差が生じることがあり、年末に精算する必要があります。

3．年末調整で「税金が戻ってくる」のはなぜ？

年末調整というと、「12月の給与で税金が戻ってくる」というイメージを持っている方も多いでしょう。

例えば、毎月の給与などから1年間で合計15万円の所得税等が源泉徴収されていたとします。

年末調整で各種控除を反映して計算した結果、本来納めるべき年税額が12万円だった場合、3万円を多く徴収していたことになります。

源泉徴収済み　15万円
年末調整後の年税額　12万円
差額　3万円

この場合は、原則として3万円が還付されます。

つまり、年末調整の還付金は会社からの「ボーナス」ではありません。
それまでに給与から多く差し引かれていた所得税等が精算されて戻ってくるものです。

4．反対に「追加で税金を引かれる」こともあります

年末調整では、必ず税金が戻ってくるわけではありません。

例えば、1年間に源泉徴収された税額が10万円だったものの、年末調整によって計算した年税額が12万円になった場合には、2万円不足しています。

源泉徴収済み　10万円
年末調整後の年税額　12万円
不足額　2万円

この場合は、不足している2万円を追加で徴収することになります。

扶養親族等の状況が年の途中で変わった場合などには、こうした追加徴収が生じることがあります。

「去年は還付だったのに今年は追加徴収になった」というだけで、給与計算が間違っているとは限りません。

5．年末調整の対象になる人は？

年末調整は、会社から給与を受け取るすべての人が必ず対象になるわけではありません。

一般的には、会社へ「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」を提出している人のうち、1年を通じて勤務している人や、年の途中で就職して年末まで勤務している人などが対象になります。

一方、年末調整の対象とならない代表的なケースには、年中の主たる給与の収入金額が2,000万円を超える人などがあります。

また、年の途中で退職した人については、一定の場合を除き、通常はその勤務先で年末調整を行いません。

個別の状況によって取扱いが異なるため、判断に迷う場合は税理士や勤務先の給与担当者へ確認しましょう。

6．年末調整では何を計算している？

年末調整の計算は、概ね次のような流れで進みます。

1年間に支払うことが確定した給与・賞与の総額を集計する
給与所得控除後の給与等の金額を求める
基礎控除、配偶者控除、扶養控除、保険料控除など各種所得控除を確認する
課税給与所得金額を計算する
税率を適用して算出所得税額を求める
対象者は住宅借入金等特別控除額を差し引く
復興特別所得税を含む年調年税額を計算する
すでに源泉徴収した税額と比較し、過不足を精算する

給与所得者本人から見ると「書類を会社に提出するだけ」に見えるかもしれませんが、会社側では提出された申告書や証明書を確認し、このような流れで年間の税額を確定させています。

7．年末調整で反映される主な控除

年末調整では、一定の要件を満たす場合、さまざまな控除を反映します。

代表的なものには次のようなものがあります。

基礎控除
配偶者控除・配偶者特別控除
扶養控除
特定親族特別控除
障害者控除
寡婦控除・ひとり親控除
勤労学生控除
生命保険料控除
地震保険料控除
社会保険料控除
小規模企業共済等掛金控除
一定の住宅借入金等特別控除

控除によって必要な申告書や証明書が異なります。

そのため会社から年末調整書類の提出案内が届いたら、後回しにせず、必要書類を早めに準備しておくことをおすすめします。

8．医療費控除や寄附金控除は年末調整ではできません

「所得税の控除なら、すべて会社の年末調整で処理してもらえる」と思われることがありますが、そうではありません。

例えば、一般的に次のようなものは年末調整では処理せず、適用を受ける場合には確定申告が必要です。

医療費控除
寄附金控除（ふるさと納税を含む。ワンストップ特例が適用される場合を除く）
住宅ローン控除の初年度

年末調整を受けた会社員でも、必要に応じて確定申告を行うことがあります。

「年末調整をしたから確定申告は絶対に不要」というわけではないことを覚えておきましょう。

9．転職した人は前職の源泉徴収票を忘れずに

年の途中で転職し、年末まで新しい勤務先で働いている場合、一定の要件を満たせば新しい勤務先で前職分を含めて年末調整を行います。

この場合に重要なのが、前の勤務先から交付された「給与所得の源泉徴収票」です。

前職分の給与額や源泉徴収税額などを確認できなければ、正しい年末調整ができないことがあります。

転職した従業員がいる会社では、年末ぎりぎりになってから慌てないよう、早めに前職の源泉徴収票の有無を確認しておきましょう。

10．会社側では「書類を集めること」がゴールではありません

経理・総務担当者にとって年末調整は、従業員から書類を回収するだけの仕事ではありません。

回収後には、例えば次のような確認が必要になります。

申告書の必要事項が記載されているか
扶養親族等の要件を満たしているか
配偶者などの所得見積額に誤りがないか
控除証明書等が必要な場合に添付・提出されているか
転職者の前職分給与を正しく確認できるか
住宅ローン控除関係書類の内容に問題がないか

提出期限直前にまとめて確認すると、不備の差し戻しや従業員への再確認が集中します。

従業員への案内、書類回収、不備確認、税額計算までのスケジュールをあらかじめ決めておくことが大切です。

11．令和8年分は「制度を理解してから書類を見る」と分かりやすい

令和8年（2026年）分は、基礎控除や給与所得控除などの改正があるため、例年以上に「なぜこの金額になるのか」が分かりにくく感じられる可能性があります。

しかし、基本的な考え方は変わりません。

毎月の給与から概算的に所得税等を源泉徴収し、年末に1年間の正しい税額を計算して差額を精算する。

まずこの仕組みを理解しておけば、基礎控除、給与所得控除、配偶者控除、扶養控除などの個別制度も整理しやすくなります。

本シリーズでは、第3話以降で令和8年分の控除額や年収ライン、提出書類などを順番に詳しく解説していきます。

12．税理士からのワンポイントアドバイス

年末調整でよくある誤解が、「還付が多いほど得をした」という考え方です。

年末調整は、基本的には1年間に源泉徴収した所得税等と本来の年税額との差額を精算する手続きです。

還付額が大きい場合は、それまでに給与から多めに税金が差し引かれていたという側面があります。

反対に追加徴収になったからといって、それだけで損をしたという意味でもありません。

大切なのは、扶養状況や各種控除を正しく申告し、その人が本来負担すべき税額を正しく計算することです。

会社の経理・総務担当者も、「今年はいくら還付されるか」だけでなく、従業員から提出された情報を正しく年末調整へ反映できているかを確認しましょう。

13．まとめ｜年末調整は「1年間の所得税の精算」

年末調整について、まず覚えておきたいポイントは次のとおりです。

毎月給与から引かれている所得税等は、その年の最終税額ではない
年末に1年間の正しい年税額を計算する
源泉徴収済みの税額と比較して、還付または追加徴収を行う
扶養関係や保険料などの各種控除を正しく反映することが重要
年末調整では対応できず、確定申告が必要となる控除もある

年末調整の書類を見ると難しく感じますが、根本にあるのは「毎月いったん徴収した税金を、年末に正しい金額へ合わせる」という仕組みです。

この基本を理解したうえで、次回は令和8年分の年末調整で特に重要となる「給与所得控除・基礎控除がどう変わるのか」を具体的に解説します。

令和8年（2026年）年末調整を税理士がわかりやすく解説

第1話｜令和8年の年末調整は何が変わる？税制改正のポイントを解説
第2話｜そもそも年末調整とは？会社員の所得税が精算される仕組み
第3話｜令和8年分の給与所得控除・基礎控除はどう変わる？
第4話｜配偶者控除・扶養控除はいくらまで？令和8年の「年収ライン」を整理
第5話｜年末調整で会社へ提出する書類は？令和8年分の必要書類と注意点
第6話｜「年収の壁」はどう変わった？178万円・社会保険106万円などを整理

参考情報

※本記事は、令和8年8月時点で公表されている情報を基に、年末調整の一般的な仕組みを分かりやすく解説したものです。個別の事情によって取扱いが異なる場合がありますので、具体的な税務判断については税理士等の専門家へご確認ください。

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